近年来,单疾病分析套路逐渐饱和,共病研究已成为非肿瘤生信领域的“新蓝海”。
在直播课中,王老师将为大家拆解非肿瘤共病研究的完整分析框架,从实战出发,为大家深度解析如何从“基因交集”到“机制闭环”。点击卡片预约,解锁非肿瘤生信研究的「跨疾病破壁术」!
三步打造共病研究完整闭环
疾病组合的原则
临床强关联:优先选择存在明确流行病学关联的疾病;
数据可获得性:要确保GEO/ArrayExpress等数据库有足够样本量;
机制探索空间:比如通过CTD、DisGeNET预判可能的分子交叉通路。
差异基因的“双重过滤”策略
Step1:分别进行单疾病差异分析;
Step2:取交集基因时采用动态阈值法。
核心模块的“三维验证”
功能维度:GO/KEGG富集时重点关注跨疾病通路;
互作维度:使用Cytoscape构建PPI网络时,优先保留Degree>10的关键节点;
临床维度:通过KM-Plotter验证关键基因预后价值(即使是非肿瘤疾病)。
高阶分析技巧
在做非肿瘤生信共病研究时,通常需要用到以下三大高阶技巧。本周五的直播课,王老师也会为大家进行高阶技巧的实操讲解。
1️⃣多组学数据融合
▪甲基化+转录组联合分析:使用MethSurv筛选差异甲基化区域
▪单细胞数据整合:Seurat分析共享细胞亚群特征
2️⃣机器学习建模
▪随机森林筛选top10特征基因
▪SVM构建疾病分类模型(AUC>0.85为佳)
3️⃣动态网络构建
▪使用WGCNA识别时序性变化模块
▪通过Dynamic Network Biomarker理论捕捉病理转折点
❌ 新手常犯的几个错误
忽略批次效应校正:处理多数据集整合时,应注意要使用combat函数。
功能注释表面化:要注意避免仅罗列通路,要解析具体分子互作。
验证实验设计不当:需设置单疾病对照组+共病组的四组比较。
王老师在直播课中手把手教大家零基础搞定非肿瘤生信共病研究的套路!
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