NHANES数据下载、提取、合并操作详解

1、NHANES数据下载

登录官网，NHANES数据库无需注册账号即可使用，打HANES数据库的数据网站即可找到NHANES各个周期数据。

官方网站：

https://wwwn.cdc.gov/nchs/nhanes/Default.aspx

点击想选择的周期即可进入对应的周期数据页面（以NHANES 2013-2014为例）；

可以看到NHANES主要提供五类数据，分别为：人口统计学数据、膳食数据、检查数据、实验室检查数据和问卷数据。

以人口统计学数据为例，进入后会提供Doc File、Data File和Data Pulished（数据释放时间）三个部分。其中Doc File点击进入会提供本数据集的组成描述。其中SEQN为NHANES调查对象的识别符，通过SEQN合并同一调查对象的各个变量信息。

点击Data File下会提供相应数据集的下载，下载格式为.xpt格式。建议同一周期的不同数据集下载在同一文件夹，方便数据读取合并和清洗。

2、R语言数据提取以及合并（以2015-2016和2017-2018两个周期数据为例）

代码文本：

library(foreign)

library(dplyr)

#2015-2016

setwd("D:/NHANES/2015")

filename <-list.files()

data1 <-read.xport(filename[1])

for(i in2:length(filename)){

  file<-read.xport(filename[i], na.strings ="NULL")

  data1 <-merge(data1, file, by ='SEQN', all=TRUE) # 修正变量名和参数

}

data1$cycle<-"2015-2016"

names(data1)

#2017-2018

setwd("D:/NHANES/2017")

filename <-list.files()

data2 <-read.xport(filename[1])

for(i in2:length(filename)){

  file<-read.xport(filename[i], na.strings ="NULL")

  data2 <-merge(data2, file, by ='SEQN', all=TRUE) # 修正变量名和参数

}

data2$cycle<-"2017-2018"

#读取自定义的表格，内含所需变量code

var<-readxl::read_xlsx("D:/NHANES/variable.xlsx",sheet=1)

colnames(var)

data1_cbind<-cbind(data1[,grepl('SEQN|SDMVPSU|SDMVSTRA|^WT',colnames(data1))],

                   data1[,colnames(data1)%in%var$code])

names(data1_cbind)

data2_cbind<-cbind(data2[,grepl('SEQN|SDMVPSU|SDMVSTRA|^WT',colnames(data2))],

                   data2[,colnames(data2)%in%var$code])

names(data2_cbind)

#合并不同周期数据

data<-bind_rows(data1_cbind,data2_cbind)

names(data)