MIMIC(Medical Information Mart for Intensive Care) 是由美国麻省理工学院(MIT)和贝斯以色列女执事医疗中心(BIDMC)联合开发的公开医疗数据库,专为医学研究设计。
其核心数据来源于重症监护病房官网及数据库下载网址,经过严格匿名化处理,供全球科研人员免费使用(需通过伦理认证和申请流程)。
官方介绍见MIMIC官方网站 : https://mimic.mit.edu/
MIMIC-IV 数据库下载见 MIMIC-IV发布页:
https://physionet.org/content/mimiciv/3.1/(ICU)患者的临床信息。
MIMIC-IV 被分成“模块”以反映数据的来源。
▪ hosp – 患者的医院级数据:实验室、微型和电子药物管理
▪ icu -ICU 级别数据。这些是事件表,在结构上与 MIMIC-III(图表事件等)相同
▪ cxr – 从 MIMIC-CXR 查找表和元数据,允许链接到 MIMIC-IV
▪ note – 去识别的自由文本临床笔记(未公开)
临床上我们真正需要使用的主要还是hosp和icu, 所以这里主要介绍这两个。
Hospital共有22个表格:
其中以d_开头的表格为储存编码的表格(包括疾病,实验室指标,操作等),其余主要表格的介绍如下:
▪ admissions.csv:患者入院记录数据,包含有关患者入院的信息,如入院时间、出院时间、诊断等。
▪ drgcodes.csv:诊断相关组(Diagnosis Related Group)代码数据,用于医疗费用计算和统计分析。
▪ emar_detail.csv:电子药物管理记录详细数据,包含关于患者药物治疗的详细信息。
▪ microbiologyevents.csv:微生物学检测事件数据
▪ poe.csv:医嘱输入数据,记录了医生对患者的医嘱,如药物、检查等
▪ prescriptions.csv:处方数据,记录了对患者开具的处方药物信息。
▪ services.csv:医疗服务数据,记录了患者接受的医疗服务,如手术、检查等。
▪ diagnoses_icd.csv:ICD诊断码数据,记录了与患者诊断相关的国际疾病分类(ICD)编码和描述。
▪ emar.csv:电子药物管理记录数据,与emar_detail.csv相似,可能包含更高层次的概要信息
▪ labevents.csv:实验室检测事件数据,记录了与患者实验室检测结果相关的信息,如检测时间、检验指标、结果值等。
▪ pharmacy.csv:药房数据,可能包含有关药品配送、管理和库存方面的信息。
▪ poe_detail.csv:医嘱输入详细数据,可能包含更详细的医嘱信息,如剂量、频率等。
▪ procedures_icd.csv:ICD手术/过程码数据,记录了与患者手术或医疗过程相关的ICD编码和描述。
▪ transfers.csv:患者转院记录数据,包含有关患者转院的信息,如转出科室、转入科室等。
ICU共9个表格:其中d_items储存着ICU里所有的编码(包括实验室指标、药物、操作、护理记录等)
• datetimeevents.csv:该文件记录了与日期和时间相关的事件,例如护理措施、检查和药物管理等。
• icustays.csv:该文件记录了患者在重症监护室(ICU)的留观信息。
• ingredientevents.csv:包含有关药物成分的数据,可能包括使用的药物成分、剂量、途径和给药时间等相关信息。
• inputevents.csv:包含有关液体或药物输入的数据,如给药途径、剂量、速率、开始时间和结束时间等相关信息。
• outputevents.csv:包含有关液体或药物输出的数据,如排尿量、引流量等相关信息。
• procedureevents.csv:包含有关医疗过程或手术的数据,如手术类型、开始时间和结束时间等相关信息。
• chartevent.csv:包含有关实验室指标、护理记录、生命体征等数据的记录。
• subject_id 每个患者有唯一的subject_id
• hadm_id 患者的每一次入院会有一个唯一的hadm_id
• transfer_id 患者每一次更换病房会有一个唯一的transfer_id
• stay_id 在相同类型病房内进行转移,则会更新一个transfer_id,但会有相同的stay_id,例如用ICU中的一个病房转移到另一个病房,则stay_id不变,transfer_id更新。
所有id的分配都是随机的,与时间先后无关。
关于MIMIC数据库的数据提取一般来说需要借助SQL程序化语言进行提取,提出数据后再在统计软件中进行数据清洗和分析。
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