MIMIC数据库注册+数据获取流程详解

1.MIMIC数据下载

登录CITI项目网站，网站地址：

https://physionet.org/content/mimiciv/3.1/，进行注册。

注册完之后考试答题正确率需达到90%，可以⽆限次地做，提交⼀次它就会给出正确的答案，记录下答案就⾏。

完成考试后下拉，会出现成绩单(左），点击下载（证书是3年有效的，因为数据库使⽤权每次申请只有1年，以后还要⽤到这份证书，因此，需注意保存好该⽂件）。

注册PhysioNet账号

注意事项：身份不能填写学生；申请理由不要出现学生、老师、课程等敏感词汇。

完成数据库权限的申请后就需要下载配置数据。最常用的配置语言为PostgreSQL。

2.数据下载：用SQL语言进行数据提取

代码文本：

---样本对象 第一次入院且第一次进入ICU(65366人)

select *frommimiciv_derived.icustay_detail_new

select distinct stay_id frommimiciv_derived.icustay_detail_new where icustay_seq=1andhospstay_seq=1

---疾病  脓毒症（27882人）

select distinct subject_id,sepsis3 frommimiciv_derived.sepsis3

        where stay_id in(select distinct stay_id frommimiciv_derived.icustay_detail_new where icustay_seq=1andhospstay_seq=1)

--次要结局(死亡)

select *frommimiciv_derived.icustay_detail_outcome

select distinct subject_id,status_30d,time_30d,status_90d,time_90d,status_1year,time_1year frommimiciv_derived.icustay_detail_outcome

where stay_id in(select distinct stay_id frommimiciv_derived.icustay_detail_new where icustay_seq=1andhospstay_seq=1)

--基本信息

select distinct subject_id,gender,race,admission_age,los_icu frommimiciv_derived.icustay_detail_new

where stay_id in(select distinct stay_id frommimiciv_derived.icustay_detail_new where icustay_seq=1andhospstay_seq=1)

数据的合并，以R语言为例，一般根据subject id的共同项，用循环语句将所有文件合并。

代码文本：

#设置工作路径

setwd("D:\\右美托咪定和心力衰竭\\数据")

####读取合并数据

library(dplyr)

library(foreign)

filenames<-list.files()

data<-read.csv(filenames[1])

for(i in2:length(filenames)){

  data1<-read.csv(filenames[i],na.strings ="NULL")

  data<-merge(data,data1,by="subject_id",all=TRUE)

  data<-data[!duplicated(data$subject_id),]

}